Император даже представлялся по-разному разным группам подданных. Для ханьцев он был хуан-ди, императором и носителем Небесного мандата. Для маньчжуров и монголов он был ханом в рамках традиции Внутренней Азии, а для тибетцев — чакравартином, тем, кто поворачивает колесо буддийского закона. В мусульманской Центральной Азии император представлял себя правителем как в чингизидском, так и в исламском смысле: гарантом справедливости и порядка [Hodong Kim, Holy War in China: The Muslim Rebellion and State in Chinese Central Asia, 1864–1877 (Stanford, CA: Stanford University Press, 2004), 69.]. Такая имперская идеология породила разные традиции управления разными частями империи. У собственно Китая (нейди) династия Цин переняла бюрократию, систему экзаменов и конфуцианский космологический порядок, хотя и держала ханьское население Китая на расстоянии. В китайских городах цинские гарнизоны размещались в обнесенных стенами поселениях, отдельно от местных жителей. В регионах за пределами Китая династия Цин стремилась не ассимилировать аборигенов и превратить их в китайцев, а удерживать власть за счет признания и управления различиями между подданными. Обширные территории Джунгарского ханства вошли в состав империи Цин как раз на таких условиях.

Цин назвали завоеванную территорию Синьцзян (что означает, как мы уже отмечали, «новый доминион»). Ее оккупировали маньчжурские и монгольские знаменные войска, а управлялась она не напрямую, а через посредничество местных элит. Важнее всего для династии Цин был север: в степи было где развернуться конной армии, а геополитическая конкуренция с Россией стала насущным вопросом. Именно там располагалась резиденция илийского генерал-губернатора (цзянцзюня), правителя новой территории и командующего подавляющей части оккупационной армии (которая до середины XIX века насчитывала около 40 000 человек, среди которых было равное число маньчжурских и монгольских знаменосцев и обычных ханьских солдат). Кроме того, Цин финансировала расселение китайских крестьян на государственных угодьях, чтобы заполнить земли, пустовавшие после геноцида джунгар. Каждый поселенец получил для своего нового хозяйства 30 му (около 2 га) земли, инструменты, семена, лошадь и ссуду в 2 ляна серебра [Millward, Beyond the Pass, 51.]. Переселение было не слишком масштабным, зато уже на раннем этапе север стал оплотом цинской власти в регионе. На востоке особое место занимали оазисы Кумул и Турфан. У них были давние исторические связи непосредственно с Китаем, как торговые, так и политические, и их мусульманские правители подчинились династии Цин задолго до поражения джунгар. Несколько иной была ситуация на юге (который в Цин именовали Хуэй-цзу, «мусульманским регионом»). Военное присутствие здесь было не таким сильным и ограничивалось военным гарнизоном, который сменялся раз в три года. Каждый оазис контролировали наместники (банши дачен), которые подчинялись советникам в Кашгаре и Яркенде, а те, в свою очередь, генерал-губернатору Или в Кульдже. Эти наместники были в основном маньчжурскими или монгольскими знаменными воинами и занимались в первую очередь обороной. Гражданское управление — сбор налогов, разрешение споров, надзор за базарами — было передано мусульманским чиновникам, а местное мусульманское население по-прежнему подчинялось исламскому праву, над которым надзирали беки и ахуны. Многие из этих мусульманских чиновников были выходцами из Кумула и Турфана, восточных регионов, которых с династией Цин связывала более давняя история. Эмин Ходжа, бек Турфана, получил звание цзюньвана («командующего князя») по наследству, и его назначили первым наместником в Алтышаре со штаб-квартирой в Яркенде. Он отвечал почти за всю переписку с вассалами династии Цин сразу после завоевания и помог доставить останки двух ходжей в Пекин [Kwangmin Kim, "Profit and Protection: Emin Khwaja and the Qing Conquest of Central Asia, 1759–1777," Journal of Asian Studies 71 (2012): 603–626; David Brophy, "The Kings of Xinjiang: Muslim Elites and the Qing Empire," Études orientales 25 (2008): 69–90.]. Во время цинской военной оккупации Алтышаром управляла мусульманская элита.

Власти, представляющие династию Цин, занимали укрепленные крепости, которые построили по всему Синьцзяну. (Гарнизоны Цин в самом Китае тоже огораживали стенами.) На севере цинские крепости преобразились в крупные города, где проживало много китайцев. Урумчи довольно быстро превратился в центр торговли. В источнике 1777 года о нем говорится как о «самом процветающем и густонаселенном месте за Перевалом» [Цит. по: Millward, Beyond the Pass, 133.]. В городах-оазисах юга династия Цин строила крепости рядом с уже существовавшими городами. Они назывались новыми городами (синьчэн) или маньчжурскими городами (маньчэн). В Кашгаре в 2 ли (1 км) на северо-запад от Старого города возвели комплекс с крепостной стеной, где находились казармы, оружейный склад и правительственные здания. Укрепленные гарнизоны служили для обороны, а еще обозначали в пространстве разделение между правителями и подданными. Правителями были маньчжуры и монголы, а подданными — местные тюрки-мусульмане. Ханьцы занимали в этой системе уникальное место. Китайские крестьяне расселялись на севере. На юг они приезжали в основном ради торговли. Снабжение армий было целой индустрией, но помимо этого ханьцы развернули розничную торговлю по всему региону и принялись налаживать связи с Россией. Династия Цин не позволяла ханьским купцам селиться в Алтышаре и привозить туда свои семьи. Отчасти они поступали так из осторожности, пытаясь не нарушать только-только зарождавшийся порядок и сдерживая расширение и так густонаселенных компактных мусульманских оазисов, а отчасти потому, что юг не слишком интересовал их. Ханьские купцы жили за пределами старых городов, в цитаделях, построенных династией Цин, или рядом с ними. Значительная часть китайского населения, приехавшего в Синьцзян, была мусульманской. Мусульмане, говорившие по-китайски, которых теперь называли хуэй-цзу, уже несколько веков строили в Китае свою общину. В Синьцзяне, где их называли дунганами или тунганами на местном тюркском языке, у них была двойная идентичность: общая вера с тюркским населением нового региона и общий язык с ханьскими торговцами и другими поселенцами. Династия Цин относила их к ханьцам, и подчинялись они цинским законам, а не исламским. Притом что Синьцзяном управляли маньчжурские военные чиновники, а не ханьцы, дунгане не играли в регионе роль посредников между культурами. На самом деле они были гораздо ближе к ханьским купцам или крестьянам и часто служили династии Цин. Исламская солидарность не определяла их отношения к тюркоязычному мусульманскому населению нового цинского региона.

Представители тюркской мусульманской элиты носили множество разных титулов, но в совокупности их называли ванами. Самых высокопоставленных ванов принимали при дворе в Пекине, их биографии включались в государственные исторические записи, а их портреты висели в Зале пурпурного сияния в Запретном городе. Ваны Кумула управляли своими округами как, по сути, автономные феодалы, извлекая прибыль из права на барщинный труд своих подданных. Другие ваны обладали меньшей властью, но все равно принадлежали к имперской аристократии. Благодаря такой системе непрямого управления мусульманам казалось, что они по-прежнему живут по исламским порядкам. Династия Цин и местное мусульманское общество воспринимали мусульманских ванов совершенно по-разному. В глазах династии они говорили по-маньчжурски и по-китайски и выражали свою покорность согласно цинскому церемониалу. Для мусульман же они представали слугами ислама и редко упоминали о правящей в Пекине династии. После смерти Эмина Ходжи его сын, ван Сулейман, построил в Турфане медресе, дабы почтить память отца. На фасаде здания нанесены надписи как на китайском, так и на тюркском языках. В китайской надписи у Эмина статус «вернувшегося слуги императора Цяньлуна Великой династии Цин» [Brophy, "The Kings of Xinjiang," 84.]. В тюркской надписи о династии Цин умалчивается, а лишь воздается благодарность Богу. Когда императора династии Цин упоминали в мусульманских источниках, его называли Хакан-и Чин («император Китая») — это чингизидский термин, давно укоренившийся в Центральной Азии. При непрямом управлении мусульманским элитам в цинском Синьцзяне казалось, будто они по-прежнему живут по исламским порядкам. Были и другие способы сделать вид, что Алтышар не завоеван неверными. Историк Молла Муса Сайрами в начале XX века утверждал, что первые ваны фактически попросили Цин навести в регионе порядок. «Несколько человек собрались обсудить кризис в стране», — писал он. В силу того что ходжи оказались не в состоянии справиться с ситуацией, по словам собравшихся, «земля и люди пребывали в опустошении», эти люди решили обратиться к кагану Китая за военной помощью. «Если он приведет войска и отнимет власть у ходжей, Алтышар станет частью Китайского ханства и наша земля станет процветать, а дети будут жить в спокойствии». Семь человек отправились к кагану Китая с просьбой о помощи. Император не только отправил большое количество войск навести порядок в Алтышаре, но и наградил этих семерых высокими должностями и титулами за их заслуги. Еще Сайрами рассказывал легенду, согласно которой императоры Китая в прошлом были мусульманами [Molla Musa Sayrami, Tarikhi äminiyä, ed. Mähämmät Zunun (Ürümchi: Shinjang Khälq Näshriyati, 1989), 28 (see 38–42 for the legend of the emperors' conversion).].

При таком толковании истории реальность включения Алтышара в состав немусульманской империи сильно смягчалась. Несмотря на все эти ухищрения, легитимность правления династии Цин в Синьцзяне оставалась шаткой. Возможно, беки и осуществляли власть в исламских и центральноазиатских традициях, но империи Цин так и не удалось в полной мере привлечь на свою сторону исламские органы власти. Недовольство малоэффективным управлением и злоупотреблением властью, как со стороны маньчжурских офицеров, так и со стороны мусульманских беков, в сочетании с беспокойством о судьбе мусульманских женщин привело к ряду восстаний. Первое вспыхнуло в отдаленном западном городе Уши (или Учтурфан) в 1764 году. Династия Цин не разрешала своим воинам или китайским торговцам брать с собой семьи. Вследствие этого в регионе процветала проституция, а цинские правители и воины брали мусульманок в жены или наложницы [Millward, Beyond the Pass, 205–208.]. В 1764 году в Уши цинский наместник Сучэн вместе с сыном похищал местных женщин, а Абдулла, местный хаким, вымогал деньги у населения. Сучэн принудил 240 человек нести его багаж, когда отправился с официальным караваном в Пекин, и это вызвало бунт, в ходе которого горожане убили Абдуллу, Сучэна и вырезали цинский гарнизон. Когда прибыла карательная экспедиция, они укрылись за городской стеной и выдержали несколько месяцев осады. Возмездие маньчжуров было суровым. Когда город наконец сдался, около 2350 мужчин казнили, а около 8000 женщин и детей перевезли в Или и обратили в рабство. Однако за этим восстанием последовали многие другие. Они были связаны с тем, как развивались события в Западном Туркестане, за пределами империи Цин.