Живучий стереотип, будто в исламе религия и политика тесно переплетаются, исторически несостоятелен. На протяжении большей части исламской истории религиозная и политическая власть принадлежала разным группам, и отношения между исламом и властью довольно часто менялись. Религиозная власть принадлежала людям, выделявшимся своим образованием и происхождением, и это наделяло их определенной харизмой. К XVII веку прежние разногласия между учеными-юристами (улемами) и суфиями удалось в значительной степени преодолеть благодаря возникновению суфийских орденов вроде Накшбандии, которые полагали, что верный путь к Богу — взаимодействие с миром, а не отречение от него. Однако у правителей тоже была своя аура. Само пребывание на престоле как таковое часто служило оправданием любых поступков, особенно в постмонгольскую эпоху, когда основным критерием законности служила принадлежность к роду Чингизидов. Улемы были готовы признавать любых правителей, которые соблюдали законы шариата. Однако ситуация постоянно менялась. Ходжи из Алтышара обрели богатство и влияние, консультируя правителей-Чингизидов, но вскоре их амбиции стали расти. Таким образом, Афак Ходжа представляет собой ту часть спектра, в которой суфийский ишан (наставник) стал правителем. Суфийские ритуалы стали частью общественной жизни, а в суфийских святилищах и ложах сосредоточилась верхушка политической власти — и всё это под покровительством джунгар [Alexandre Papas, Soufisme et politique entre Chine, Tibet et Turkestan: Etude sur les Khwâjas naqshbandîs du Turkestan oriental (Paris: Librairie d'Amérique et d'Orient, 2005).]. Однако после смерти Афак Ходжи в 1694 году конструкция довольно быстро рассыпалась, потому что двое его сыновей от разных браков стали бороться за власть. Чагатаиды попытались вернуть контроль над территорией, однако верх взяли ишак-ходжи, давние соперники Афакии. Джунгары посадили на трон своего лидера Данияла Ходжу и депортировали представителей рода Афак Ходжи в джунгарскую столицу в Кульдже, где держали их в заложниках. Для джунгар главное было — получать доход от Алтышара, и это единственное, что их интересовало. Если для Алтышара бремя джунгарской власти и было легким, то сами джунгары стремились развивать сельское хозяйство непосредственно в сердце своего государства, чтобы обеспечить постоянный источник зерна. Они перевезли группу крестьян из Алтышара на север в Джунгарию, где те строили ирригационные каналы и обрабатывали землю. Эта община получила название таранчи («земледельцы»), когда ее члены поселились на севере, который по большей части был кочевническим, и ислам там не приживался. И вот как раз они-то и стали первыми тюркоязычными мусульманами в степных землях Джунгарии.

Экспансия джунгар привела их к конфликту с династией Цин. Маньчжурские воины основали эту династию, когда свергли династию Мин и завоевали Китай — примерно в то же время, когда джунгары строили свое государство. Маньчжуров объединяли со степными народами многие традиции Внутренней Азии. На ранних этапах своих завоевательных походов они покорили восточные монгольские племена и включили их в состав империи в качестве военной элиты. Нурхаци, основатель династии Цин, женился на дочери монгольского вождя, и браки между императорской семьей и монгольской знатью стали обычным явлением. Династия Цин интересным образом соединила политическую идеологию Внутренней Азии и китайские методы организации и с помощью этой комбинации управляла самой густонаселенной империей того времени. Цин была династической империей, ею правила коалиция маньчжурских и монгольских воинов, которые считали, что отличаются от всех покоренных ими народов. Их отношения начались довольно мирно, когда в 1653 году джунгары отправили дипломатическую миссию в Пекин, но затем достаточно быстро ухудшились. Династия Цин ожидала, что джунгары станут вести себя как их вассалы, однако у Галдана (1677–1697 гг.), завоевателя Алтышара, были менее скромные амбиции. Обстановка накалялась, и в 1687 году началась первая из многих войн китайской державы против джунгар. У империи Цин было преимущество огромного земледельческого государства, однако значительные расстояния и размеры территории играли на руку джунгарам, обладавшим большой скоростью и мобильностью, и они раз за разом отражали нападения армии Цин. Джунгары оставались для Цин постоянной угрозой, однако последние осознавали опасность вторжения джунгар в империю и потратили несколько десятков лет на строительство оборонительных сооружений и военных путей на западе. Обретя новую силу, Цин распространили свое влияние на Восточный Туркестан. Мусульманские беки Кумула и Турфана стали вассалами и частью системы военного правительства.

Смерть джунгарского правителя Галдана-Цэрэна в 1745 году положила начало борьбе за престолонаследие, давшей шанс династии Цин. Когда Амурсана, один из претендентов на трон, обратился к империи за помощью в 1755 году, император Цяньлун был только рад услужить — и цинские армии разгромили Давачи, соперника Амурсаны. Однако Амурсана не удовлетворился положением вассала империи и поднял восстание. Тогда у Цяньлуна, похоже, закончилось терпение. Он объявил о полномасштабном вторжении в земли джунгар, намереваясь решить проблему раз и навсегда. «Никакого милосердия к мятежникам, — командовал он. — Пощадить лишь слабых и стариков. Мы воевали слишком мягко. Если так продолжится и дальше, наши войска отступят и не миновать новых трудностей» [Peter C. Perdue, China Marches West: The Qing Conquest of Central Eurasia (Cambridge, MA: Belknap Press of Harvard University Press, 2005), 283.]. Это была грандиозная по своим масштабам кампания, длинные пути снабжения проходили по враждебной территории, однако войска справились с задачей. За следующие два года сражений имперская армия уничтожила джунгарский народ. Погибла пятая часть мужского населения Джунгарии, а женщин и детей распределяли в качестве слуг к военным командирам. Еще две пятых населения джунгар умерли от оспы, а остальные бежали на запад. Джунгария почти обезлюдела, и ее присоединили к империи Цин. «С такой политикой, — пишет Питер Пердью, ведущий специалист по истории той эпохи, — династии Цин удалось раз и навсегда силой добиться "окончательного решения" проблемы северо-западной границы Китая» [Там же, 285.].

Экспансия династии Цин могла бы прекратиться уже на этом этапе, но обстоятельства сложились так, что она продолжилась. Джунгары удерживали Бурхануддина и Джахана, внуков Афак Ходжи, в качестве заложников в Кульдже. Китайцы освободили их и оказали им поддержку, чтобы сделать своими вассалами в Алтышаре. Однако после восстания Амурсаны братья тоже отказались от присяги династии Цин и попытались утвердить свою собственную власть. Император Цяньлун провел карательную экспедицию, и следующие два года цинские армии преследовали ходжей и их сторонников по всему Алтышару и Западному Туркестану. Братьев приютил Султан-шах, правитель Бадахшана (сейчас это Северный Афганистан), однако это убежище оказалось лишь временным. Когда цинские армии бросились в погоню по горячим следам, Султан-шах тянул сколько мог, но в итоге приказал убить братьев и отдал голову Джахана-ходжи маньчжурам. Трофей привезли в Пекин и торжественным образом преподнесли императору, а затем выставили на всеобщее обозрение у главных ворот Запретного города [Laura J. Newby, The Empire and the Khanate: A Political History of Qing Relations with Khoqand, c. 1760–1860 (Leiden: Brill, 2005), 21–27.].

В погоне за ходжами войска Цин зашли на запад дальше, чем любая китайская армия за последнюю тысячу лет. Армии расположились лагерем на окраине Ташкента, а одно подразделение дошло до города Таласа, где за тысячу лет до этого произошло знаменитое сражение между китайскими и арабскими войсками. Цинские войска повсюду подчиняли себе местных правителей. К тому времени, когда кампанию свернули, несколько казахских и киргизских племен, правитель нового государства в Коканде в Ферганской долине и многочисленные мелкие правители из отдаленных регионов вроде Бадахшана, Читрала и Балтистана подчинились цинской армии. Династия Цин так и не заняла эти земли, и подчинение это было условным. Однако Джунгарию и Алтышар оккупировали и присоединили к государству, чье правительство располагалось в Китае. Территория империи Цин увеличилась в три раза.

Государство Цин управлялось из Китая, но до какой степени его можно считать именно китайским государством? Группа так называемых новых историков Цин в последние несколько десятков лет убедительно доказывает, что это была не просто очередная династия, которая полностью ассимилировала с китайской культурой. Скорее ее можно считать империей, завоевавшей Внутреннюю Азию, а Китай — лишь частью (хоть и очень важной) этой огромной державы. Династия Цин опиралась как на внутриазиатские, так и на китайские политические традиции. Как это было принято во многих империях Внутренней Азии, династия Цин полагала различия само собой разумеющимися и применяла разные методы управления для разных групп подданных, у каждой из которых были свои отношения с правящим домом. Китайские подданные династии Цин составляли подавляющую часть населения, но они по-прежнему были лишь одним из нескольких культурных образований империи. Как пишет Джеймс Миллуорд, «хотя империя и была центростремительной, в центре ее располагалась не абстрактная "китайская цивилизация" и даже не конфуцианский Сын Неба, а скорее дом Айсинь Гьоро в лице многоликого императора Цин» [Millward, Beyond the Pass, 201.].