Штабом ВВС Советской армии решались и вопросы организации, и взаимодействия между родами авиации и авиации с сухопутными войсками. Еще в октябре 1940-го было дано распоряжение командующим ВВС четырех военных округов (Западному особому, Ленинградскому, Закавказскому и Дальневосточному) о разработке проекта инструкции по организации взаимодействия авиации с наземными войсками, основные положения которой были использованы в начале войны.

Народный комиссар обороны СССР в январе 1941-го дал распоряжение командующим военных округов и начальнику Главного управления ВВС в целях повышения уровня подготовки штабов авиационных соединений и углубления навыков высшего командного состава в использовании крупных воздушных сил в операции прикрепить штабы авиационных соединений, в том числе и штабы авиакорпусов дальнебомбардировочной авиации, к соответствующим армейским управлениям, а часть штабов — к штабам военных округов.

Генеральным штабом и командованием ВВС проводилось много различных авиационных учений. В 1940 году было проведено более 130 полковых, дивизионных и окружных учений с авиационными соединениями и частями ВВС.

Накануне войны достаточно глубоко была разработана и теория оперативного применения Военно-воздушных сил в будущей войне. Советская военная наука учитывала, что авиации предстоит играть крупную роль в борьбе за завоевание господства в воздухе и в содействии сухопутным войскам и Военно-морскому флоту в проводимых ими наступательных и оборонительных операциях. В проекте Полевого устава РККА было записано: «Авиация обладает мощным вооружением, большой скоростью полета и большим радиусом действий. Она является могущественным средством поражения живой силы и технических средств противника, уничтожения его авиации и разрушения важных объектов. Авиация действует в оперативной и тактической связи с наземными войсками, выполняет самостоятельные воздушные операции по объектам в глубоком тылу противника и ведет борьбу с его авиацией, обеспечивая господство в воздухе». Особое внимание со стороны командования и штаба ВВС уделялось разработке вопросов участия авиации в наступательных, в первую очередь глубоких, операциях. Согласно теории глубокой наступательной операции, наступление войск должно «носить характер подавления всей оборонительной полосы с последующим прорывом, окружением и уничтожением противника». Считалось, что одновременный мощный удар пехоты, танков, артиллерии и авиации позволит взломать вражескую оборону на всю ее тактическую глубину, а последующий ввод в прорыв подвижных соединений (механизированных и кавалерийских) при активной поддержке авиации с воздуха в сочетании с решительными действиями в тылу противника воздушных десантов обеспечит окружение и уничтожение противника. Предполагалось, что Военно-воздушные силы в этих операциях будут решать следующие боевые задачи: завоевание господства в воздухе, содействие сухопутным войскам в прорыве тактической зоны обороны противника, прикрытие войск и объектов тыла от ударов с воздуха, нанесение ударов по оперативным, стратегическим резервам и объектам в тылу противника, обеспечение ввода в прорыв эшелона развития успеха, а также его боевых действий в оперативной глубине обороны противника, поддержка воздушных десантов, снабжение своих войск по воздуху и ведение воздушной разведки.

Завоевание господства в воздухе считалось одной из важнейших задач ВВС. Оно могло быть достигнуто в стратегическом и оперативном масштабах. На направлении главных ударов сухопутных войск господство в воздухе достигалось совместными усилиями ВВС двух или нескольких смежных фронтов, авиации главного командования и наземных средств ПВО.

Борьбу с авиацией противника рекомендовалось вести двумя способами: уничтожением авиации противника на аэродромах с одновременным ударом по его тылам — фронтовым базам, ремонтным службам, складам горючего и боеприпасов — и уничтожением вражеской авиации в воздушных боях.

Согласно предвоенным взглядам, самостоятельные воздушные операции Военно-воздушных сил подразделялись на стратегические и оперативные. К первым относились воздушные операции, проводимые Верховным главнокомандованием в интересах войны в целом. Они направлялись против важнейших военных, экономических и политических центров противника и имели целью подорвать его военно-экономическую мощь, дезорганизовать работу тыла, нарушить государственное управление и связь, морально подавить население и армию.

В интересах сухопутных войск и военно-морских сил предусматривалось проведение воздушных операций оперативного значения. Основными целями их являлись: разгром противостоящих авиационных группировок; срыв маневра (сосредоточения) войск противника; поражение его оперативно-стратегических резервов; ослабление военно-морских сил и разгром крупных вражеских морских десантов. Значительный вклад в разработку проведения самостоятельных воздушных операций был внесен профессором комбригом А.Н. Лапчинским, автором ряда научных трудов, в том числе и замечательного военно-теоретического труда «Воздушная армия». Основные положения его были использованы в практической деятельности командования и штаба ВВС Советской армии накануне и в ходе Великой Отечественной войны. О главной задаче, стоящей перед военно-воздушными силами, он, в частности, писал: «В конечном итоге, какую бы задачу в отношении земли ни выполняла авиация, перед ней всегда стоит вопрос о превосходстве в воздухе».

«Авиация вошла в войну как новый мощный фактор наступления. Отсюда логическим выводом является единство действий сухопутных и воздушных сил для достижения общего успеха». «Авиация не создает для наступления массовых армий триумфального шествия, она и сама не будет совершать триумфальных полетов. Борьба во всех последовательных операциях воздушных сил будет упорна и жестока. Авиация поможет земному фронту постольку, поскольку она предоставит ему большие наступательные возможности по сравнению с противником, проводя ряд своих последовательных самостоятельных операций».

«Раз налицо имеется массовая наступательная армия, основная задача воздушной армии — содействие продвижению этой армии вперед, для чего должны быть сосредоточены все силы. Раз ведется маневренная война, нужно выиграть воздушно-земные сражения, которые завязываются в воздухе и кончаются на земле, что требует сосредоточения всех воздушных сил».

В предвоенные годы вопросы боевого применения ВВС в различных операциях и в войне в целом были достаточно глубоко исследованы в ряде крупных научных трудов советских военачальников и ученых.

В работах комкора В.В. Хрипина и полковника П.И. Малиновского, написанных еще в 1936 году, указывались следующие основные задачи Военно-воздушных сил в начале войны: подавление воздушного противника на всю глубину его расположения с целью завоевать господство в воздухе; срыв сосредоточения армий противника; поддержка частью сил авиации боевых действий передовой армии сухопутных войск. При этом не исключались действия по экономическим и политическим центрам противника. В труде указывалось также, что для сохранения авиации в начальный период войны целесообразно своевременно отводить авиационные части с постоянных аэродромов на аэродромы полевые. Первые операции Второй мировой войны позволили советскому командованию уточнить содержание начального периода войны, его значение для хода и исхода вооруженной борьбы. Начальный период рассматривался как отрезок времени от начала военных действий до вступления в сражения основной массы Вооруженных сил.

С докладом «Военно-воздушные силы в наступательной операции и в борьбе за господство в воздухе» выступил начальник Главного управления Военно-воздушных сил генерал П.В. Рычагов.

В докладе указывалось, что надежно подготовить наступление фронта, предохранить от ударов с воздуха подвозимые войска, особенно конные и механизированные, быстро и планомерно осуществить прорыв укрепленной полосы противника и развить успех в глубину возможно только при наличии господства авиации в воздухе. «Завоевание господства в воздухе, — говорилось в докладе, — достигается уничтожением авиации противника на аэродромах с одновременным ударом по ее тылам (фронтовым базам, ремонтным органам, складам горючего и боеприпасов), а также уничтожением авиации противника в воздухе над полем боя».

Однако единой точки зрения по ряду вопросов оперативного применения ВВС в войне, особенно по вопросам борьбы за господство в воздухе, среди руководящего состава еще не было. Некоторые участники совещания, преувеличивая весьма ограниченный боевой опыт войны в Испании и свой личный опыт, недооценивали действия ВВС фашистской Германии по быстрому разгрому польской и французской авиации, достигнутому главным образом путем внезапных массированных ударов по аэродромам.

Различное толкование вопросов оперативного применения ВВС в войне сказалось в какой-то степени и на организационной структуре ВВС. Был сделан вывод, не оправдавший себя в Великой Отечественной войне, о необходимости деления авиации на армейскую, специально предназначенную для взаимодействия с войсками армий, и фронтовую, действующую по плану фронта. Этот вывод был сделан на основе боевого опыта, полученного в боях у р. Халхин-Гол (май — сентябрь 1939 г.) и в конфликте с Финляндией (30 ноября 1939 г. — 13 марта 1940 г.). Применительно к подобным малым войнам деление авиации на армейскую и фронтовую было вполне обоснованным. Однако в большой войне с сильным противником, где требовалось массирование усилий и централизация управления всех участвующих в операции сил авиации, такая организационная структура была неприемлема. Таким образом, в предвоенные годы в советском оперативном искусстве в основном правильно рассматривались вопросы оперативного применения ВВС в наступательных и оборонительных операциях. Многие положения теории оперативного искусства ВВС были проверены на крупных учениях и маневрах, проводившихся в предвоенные годы. Наряду с этим в нашей военной теории были и слабо разработанные аспекты. Недостаточно разработаны были проблемы отражения внезапного нападения противника, ведения совместных действий ВВС с сухопутными войсками при стратегической обороне, приведения войск и авиации в повышенную и полную боевую готовность.