Местами не обходилось без борьбы. «В Киеве, — сообщалось в бюллетенях Организационного комитета, — обструкция приняла резкий характер благодаря упорному противодействию меньшинства» [Какими приемами добивались единодушия, рассказывает в своих воспоминаниях В. В. Шульгин, в то время — правый студент Киевского университета: раздавались фотографии, изображавшие «зверства полиции», причем сколько-нибудь опытный глаз мог сразу различить, что фотографии эти сняты с рисунков!]…

Общество в большинстве стало на точку зрения студентов. Ряд видных профессоров С.-Петербургского университета обратился к министру народного просвещения с протестом против действий полиции в день 8 февраля. Но и в правительственной среде царили разногласия. Действия полиции даже некоторые министры называли «не вполне тактичными». Академики А. С. Фаминцын и Н. Н. Бекетов (старый учитель государя) добились высочайшей аудиенции и осведомили императора, со своей точки зрения, о причинах возмущения студентов, утверждая, что политика тут ни при чем. Государь запросил мнения министров, и большинство высказалось в пользу создания особой следственной комиссии. Возражали, впрочем, как раз наиболее заинтересованные министры — Н. П. Боголепов, И. Л. Горемыкин, А. Н. Куропаткин. Военный министр, который лично беседовал со студентами Военно-медицинской академии, говорил им, что забастовку проводит «та темная, чуждая науке политическая сила, которая, сама оставаясь в стороне, быть может, руководит всем».

21 февраля в газетах появилось сообщение: «Государь Император повелеть соизволил генерал-адъютанту Ванновскому произвести всестороннее обследование причин и обстоятельств беспорядков, начавшихся 8 февраля в Императорском С.-Петербургском Университете и затем распространившихся на другие учебные заведения, и о результатах сего расследования представить на Высочайшее благовоззрение. Вместе с тем Его Императорскому Величеству благоугодно было указать, что принятие мер к восстановлению в упомянутых учебных заведениях обыденного порядка остается на обязанности главных начальников сих заведений».

Значение этого шага еще увеличивалось тем, что ген. Ванновскому, бывшему военному министру, молва приписывала весьма резкие отзывы о действиях полиции в деле 8 февраля. Государь пожелал отнестись к учащейся молодежи с доверием, поручил расположенному к ней человеку разбор причин ее недовольства и возлагал восстановление порядка в высшей школе на учебное начальство, обычно более мягкое, а не на внешние административные органы.

Казалось бы, студенты добились большего, чем сами могли ждать. Организационный комитет тем не менее решил продолжать забастовку, заявляя, что назначение расследования «не дает еще никаких гарантий». В Киевском университете бастующие студенты обратились с воззванием к рабочим, заявляя, что уже «добились уступок», но будут продолжать борьбу.

Общество никак не отозвалось на примиряющий шаг государя. Забастовке продолжали сочувствовать. Против нее отважился выступить только редактор «Нового Времени» А. С. Суворин, написавший: «Если бы правительство предоставило настоящую стачку молодежи ее естественному течению, т. е. сказало бы “не хотите учиться — не учитесь”, то оно не себе бы повредило и не своей высшей школе, а поставило бы учащуюся молодежь в печальное положение, оставив ее без образования и без того поприща общественной деятельности, на которое она рассчитывала». На «Новое Время» за эти строки обрушились чуть не все прочие органы печати; многолетние подписчики газеты отказались от ее получения; не без гордости А. С. Суворин потом писал, что отвлек на себя все громы общества.

Забастовка вступила в новую фазу. В учебных заведениях велась внутренняя борьба за ее прекращение. Администрация, ввиду перемены обстановки, разрешила вернуться почти всем высланным за участие в беспорядках. Военно-медицинская академия с 21 февраля действительно приступила к занятиям и более их не прерывала. Когда после масленичных каникул университеты снова открылись, в С.-Петербурге, в Москве, в Одессе большинством голосов было решено прекратить забастовку. В Харькове и Казани забастовка также окончилась. Но в Киеве «союзный совет» постановил в резких выражениях выразить порицание петербургским студентам; обструкция продолжалась; во главе борьбы с нею стала организованная русскими студентами «партия националистов». Крайние элементы, раздраженные сопротивлением, прибегли к физическому насилию. 9 марта в Киевском университете произошло настоящее побоище; сражались мебелью и лабораторными принадлежностями. Тогда 10 марта было решено уволить всех студентов и принимать их обратно с известным разбором (принято было 2181 человек из 2425).

Киевские события и воззвания «союзного совета» дали новый толчок забастовке. Крайние снова апеллировали к чувству товарищеской солидарности — «товарищей избивают, товарищей исключают». В С.-Петербурге 18 марта собралась сходка, постановившая возобновить обструкцию. То же произошло в Москве, в Одессе. Этот последний период забастовки был самым острым и озлобленным. Обструкция принимала резкие формы. Ее сторонники не считались с волей большинства: в Горном институте, например, большинство на сходке высказалось против обструкции, но она все-таки применялась. В столовой С.-Петербургского университета обосновался забастовочный центр, дававший инструкции и печатавший бюллетени о ходе забастовки.

К концу марта выяснилось, что учебное начальство и умеренные элементы студенчества совершенно бессильны перед организованной обструкцией. Полиция в дело не вмешивалась. Движение распространилось на Варшавский и Рижский политехнические институты. Увольнение и обратный прием по прошениям ни к чему не приводили: забастовочный комитет дал приказ подписывать все что угодно, но продолжать обструкцию. К концу марта почти все высшие учебные заведения были закрыты до осени, и только экзамены — также объявленные под бойкотом — кое-где все-таки производились. Правительственное сообщение 2 апреля подвело итоги этих бурных двух месяцев.

Опыт этой забастовки произвел большое впечатление на государя. Он начал с того, что пошел студентам навстречу, но должен был убедиться в наличии злой воли, в бесспорно политической подкладке движения. Комиссия ген. Ванновского, возникшая на предпосылке законных требований студенчества, продолжала свои работы — но окончила она их уже в совершенно новой обстановке. Она признала, что полиция действовала правильно 8 февраля; но этот повод был теперь почти забыт; она вынесла ряд предложений о предоставлении студентам большей свободы — но университеты были закрыты вследствие насилия радикальных элементов и пассивности умеренных.

24 мая было опубликовано правительственное сообщение, отчасти основанное на работах комиссии ген. Ванновского. В ней указывалось, что события 8 февраля — столкновение, сопровождавшееся обоюдными насильственными действиями, начатыми студентами и вызвавшими отпор небольшого отряда конной полиции (38 человек) «посредством применения без особой необходимости одной из крайних мер воздействия на толпу». Объясняя дальнейшие беспорядки влиянием крайних, на сходках увлекших за собой толпу, сообщение далее гласило: «Исследование показало, что и в самом строе высших учебных заведений существуют общие причины, содействующие развитию беспорядков». Причины эти перечислялись: разобщенность студентов между собою и с профессорами, скученность студентов в одном и том же учебном заведении, отсутствие надзора за учебными занятиями.

Но в резолютивной части уже проявлялись выводы из второго периода забастовки: государь соизволил 1) объявить неудовольствие ближайшему начальству и учебному персоналу; министры должны принять меры внушения, и если нужно — строгости; 2) чинам полиции — поставить на вид неумелые и несоответственные предварительные распоряжения; 3) «не подлежит извинению поведение студентов и слушателей, забывших о долге повиновения и соблюдения предписанного порядка… Никто из них не может и не должен уклоняться от обязанности трудиться и приобретать познания, нужные для пользы отечества».

«К прискорбию, — говорилось в заключение, — во время происходивших смут местное общество не только не оказало содействия усилиям правительственных властей, но во многих случаях само содействовало беспорядкам, возбуждая одобрением взволнованное юношество и дозволяя себе неуместное вмешательство в сферу правительственных распоряжений. Подобные смуты на будущее время не могут быть терпимы и должны быть подавлены без всякого послабления строгими мерами правительства».

Чествование 100-летия со дня рождения А. С. Пушкина — состоявшееся как раз на следующий день после опубликования этого сообщения — много проиграло если не во внешнем блеске, то в задушевности и искренности оттого, что оно попало в момент такого острого политического расхождения между властью и обществом. «Почему на празднике почти отсутствовала литература, и почему общество проявило недостаточно много воодушевления?» — спрашивала «Русская Мысль» и дипломатично отвечала: «Ответ — в условиях развития общественности за последнее двадцатилетие».

По случаю Пушкинского юбилея был учрежден разряд изящной словесности при Императорской академии наук, имевший право избирать почетных академиков из числа выдающихся русских писателей [Первыми почетными академиками (в январе 1900 г.) были избраны: «К. Р.», гр. Л. Н. Толстой, А. А. Потехин, В. Г. Короленко, А. П. Чехов, А. М. Жемчужников, гр. А. А. Голенищев-Кутузов, В. С. Соловьев и А. Ф. Кони. Избран был в 1902 г. и М. Горький, но избрание его было аннулировано, так как он состоял под следствием по делу о революционной пропаганде.].

Летом 1899 г., в глухое каникулярное время, были опубликованы те меры, которые возвещались правительственным сообщением 24 мая. Были приняты во внимание и предложения комиссии ген. Ванновского — но также и выводы из упорной обструкции. Циркуляром министра народного просвещения от 21 июля для устранения разобщенности студентов рекомендовалось общение на почве учебных потребностей, устройство практических занятий на всех факультетах, учреждение научных и литературных кружков под руководством преподавателей и открытие студенческих общежитий; наоборот, всякие реформы общестуденческого представительства — курсовые или факультетские старосты — признавались не только излишними, но и вредными.